Der als Sohn eines Offiziers der Schweizertruppen auf Korsika in Luzern zur Welt gekommene Musiker wirkte als Violoncellist, Bratschist und Paukenspieler von 1808 bis 1810 an den frühesten Musikfesten der Schweizerischen Musikgesellschaft mit, lernte wenige Jahre später durch Nägelis Vermittlung Beethoven in Wien kennen und erteilte von 1815 bis 1817 Gesangsunterricht an Pestalozzis Erziehungsanstalt in Yverdon. Nachdem er sich 1817 in Frankfurt am Main niedergelassen hatte, rief er dort 1828 einen «Liederkranz» nach Nägelis Vorbild ins Leben, um dessen musikerzieherische Ideen mittels Chorgesang durchzusetzen.
Schnyder von Wartensee kehrte 1844 nach Luzern zurück, verbrachte aber seine letzten Lebensjahre wiederum in Frankfurt, wo mit der Oper «Fortunat» schon 1831 eines seiner Hauptwerke zur Uraufführung gelangt war. Zu ihnen gehören auch die dem Andenken Joseph Haydns gewidmete 2. Sinfonie c-Moll (1827), das Konzert für zwei Klarinetten und Orchester (um 1820) und die «12 Schweizerlieder» für Männerchor (1834). Unter den Klavierwerken ragen je eine Sonate in C-Dur und f-Moll sowie die 1830 in Frankfurt von Fr. Ph. Dunst veröffentlichte Sammlung «Lustiges Drey mal Drey / oder neun Scherzi / für das Piano-Forte» hervor, die um 1825 entstanden sein dürfte. Ihr entstammt das stilistisch Beethoven nahestehende Scherzo in E-Dur, das sich durch kontrapunktischen Spielwitz und auffallend kurzatmige, aber klare Themen auszeichnet.