Das Dorf Neuenkirch geht in seinem Ursprung auf die Völkerwanderung im 4. Jahrhundert zurück. Der germanische Volksstamm der Alamannen, der damals die römische Schweiz überflutete, nahm das Land in Besitz, das bisher die keltischen Helvetier bewohnt hatten. Die Alamannen lebten auf Einzelhöfen. Sie hatten keine eigene Schrift, und so gibt es aus den ersten alamannischen Jahrhunderten keine Zeitzeugnisse.
Erstmals in einem Schutz- und Bestätigungsbrief von Kaiser Friedrich I. aus dem Jahre 1173 werden die Hofnamen Adelwil, Gottsmänigen, Lippenrüti, Härdmänigen, Helfenstegen, Rippertschwand, Siboldingen (Sibenlingen), Voglisberg und Werligen genannt. Diese Höfe sind somit älter als das Dorf Neuenkirch.
Im Mittelalter gehörte das ganze Gebiet zur Pfarrei Sursee. 1036 baute diese eine "obere Kirche" (Oberkirch), und um 1200 die erste "nûwe Kirche", die 1256 als "nova Ecclesia" und schliesslich 1282 erstmals als "Nûwenkilch" in einer Urkunde erwähnt wird. Damals gründeten die Edlen von Küssnacht, zu deren Herrschaftsgebiet Neuenkirch gehörte, ein Augustinerinnenkloster. Dieses existierte bis 1575, als es niederbrannte, mitsamt dem zu einem Messgewand umgearbeiteten Waffenrock Herzog Leopolds, der in der Schlacht bei Sempach gefallen war. 1588 wurde das Kloster aufgehoben; die verbliebenen 6 Schwestern zogen in die Klöster Rathausen und Eschenbach.
1765 wurde die heutige Kirche erbaut, vermutlich am Ort des abgebrannten Klosters. 1939 vergrösserte man sie und gab ihr das heutige Aussehen. Damals wurde auch der Friedhof von der Kirche weg an den heutigen Standort verlegt.
1632 wird erstmals ein Schulmeister erwähnt. Wahrscheinlich handelte es sich um einen Geistlichen, der eine Pfarreischule führte. Erst 1804 entstand im Rahmen der Säkularisierung der Helvetik eine staatliche Schule. 1841 wurde das erste richtige Schulhaus in der Kirchmatt gebaut. Dieses stand an der Stelle des heutigen Pfarreigebäudes "Conventus"; es wurde 2000 abgebrochen.
Als nach der Invasion der Franzosen 1798 die Alte Eidgenossenschaft und mit ihr das Patrizierregiment in Luzern untergingen, entstanden die heutigen Gemeinden. Am 8. April 1799 wurde der erste Gemeinderat (damals «Munizipalbeamte» genannt) gewählt. Prominentester Gemeindevorsteher war 1809 der später als Heiler und Diener Gottes bekannt gewordene Niklaus Wolf von Rippertschwand. Politik ohne Einfluss der Kirche war aber offensichtlich nicht sein Ding: bereits 7 Monate nach der Wahl reichte er das Gesuch um Entlassung ein.
Der Ortsteil Neuenkirch zählte am 31. Dezember 2021 4'759 Einwohner, die ganze Gemeinde Neuenkirch 7'144 Einwohner.