1282 stifteten die Ritter von Küssnacht in Neuenkirch ein Reuerinnenkloster. Dieses basierte auf einer rund hundert Jahre früher entstandenen Beginensiedlung, die sich nach nur wenigen Jahren Bestand 1256 aufgelöst hatte.1287 schlossen sich die Schwestern dem Dominikanerorden an. In den darauffolgenden Jahrzehnten wuchs das Kloster. Dank der Mitgift der neu eintretenden Nonnen und Vergabungen frommer Ritter wuchs es zu einem eigentlichen wirtschaftlichen und kulturellen Zentrum heran, in dessen Schatten auch die Pfarrei stand.
Zweimal wurde das Klostergebäude vom Feuer zerstört: 1437 und 1575. Beim zweiten, ausgelöst durch einen Kaminbrand in der Küche, lebten nach den Wirren der Reformation nur noch 5 Schwestern dort. 1588 empfahl der Nuntius der Luzerner Regierung, das Kloster zusammen mit jenem von Ebersecken aufzuheben und die Schwestern auf die Klöster Eschenbach und Rathausen aufzuteilen.
Beim zweiten Klosterbrand 1575 war auch die Kirche mit abgebrannt. Sie wurde sogleich neu errichtet. 1765 war sie wieder derart baufällig geworden, dass ein Neubau nötig wurde. 1939 wurde die Kirche vergrössert und erhielt ihre heutige Form. Zu diesem Zeitpunkt wurde auch die heutige Niklaus-Wolf-Wallfahrtskapelle (Unterkirche) eingebaut.